亚马逊会直接从销售额中扣除日本JCT消费税吗？

不会。亚马逊仅提供网上商城供卖家使用，卖家应负责向买家收取日本消费税并向日本税务机构提交日本JCT消费税申报单。卖家需要支付日本消费税出项和进项的差额（或获得税费返还）。